Nato in Nepal nel 1962, Khen Rinpoce Ghesce Thubten Chonyi è entrato nel Monastero di Kopan dopo essere stato ordinato monaco da Lama Zopa Rinpoce nel 1974.
A Kopan ha studiato per sei anni con Ghesce Ciampa Gyatso. In seguito è stato ammesso al Monastero di Sera Je, in India meridionale, dove, dopo 18 anni di intensi studi e dibattiti, ha ottenuto il più alto grado accademico conferito dalla tradizione monastica Gelugpa, il Ghesce Lharampa.
Dopo aver completato la sua formazione a Sera Je, Khen Rinpoce ha studiato e completato i suoi studi di tantra, classificandosi al primo posto nella sua classe, presso il Gyudmed Tantric College. Il monastero di Gyudmed è uno dei due principali collegi monastici specializzati negli insegnamenti del tantra buddhista della tradizione Gelugpa.
Dal 1999, su raccomandazione di Lama Zopa Rinpoce, è stato insegnante residente dell’Amitabha Buddhist Center di Singapore e dal 14 luglio 2011 è stato nominato Abate del monastero e convento di Kopan in Nepal.
Attualmente è anche Abate del monastero Lhungtok Choekhorling in Italia.